色譜柱的鍵合基質分為硅膠基質、聚合物基質等，其中硅膠基質應用較為廣泛，其特點主要包括以下3方面：
(1)低pH值，硅膠鍵合鍵容易水解(pH<2)；高pH值，硅膠容易溶解(pH>8)。
(2)在接近中性的條件時，硅醇基裸露，顯酸性，不適宜分離堿性化合物。
(3)某些硅膠被一定金屬污染，這些金屬會引起峰的不對稱或拖尾，甚至化合物的死吸附。
色譜柱的硅膠基質可分為全多孔硅膠微粒、雜化硅膠顆粒和實心核硅膠顆粒。
1、全多孔硅膠基質
全多孔硅膠，以其全多孔的結構特點具有很高的比表面積，故具有很高的柱效。其機械強度大的特點可保證填充床長時間在很高的操作壓力下工作，柱效保持穩定，同時剛性、高強度的微粒還使柱子的反壓較低，壽命較長。
2、雜化硅膠顆粒基質
為改善純硅膠基質的不足，雜化硅膠顆粒應運而生，具有高穩定性、耐受pH及高機械強度的特性，能夠改善高pH值條件下硅膠內部水解的問題。
3、實心核硅膠顆粒基質
實心核顆粒，即表面多孔實心核顆粒，與全多孔硅膠比較，由于顆粒密度大、顆粒大小分布窄，傳質阻抗、渦流擴散降至低，從而柱效較高，峰容易過載，多次進樣后柱壓升高。
